A Rákóczi szabadságharc 1703-ban, alig több mint egy évtizeddel a szerbek szentendrei letelepedése után robbant ki. Erről a korszakról a város történetét tárgyaló ismeretterjesztő munkák vagy hallgatnak, vagy csak annyit jegyeznek meg, hogy a szabadságharcban a Habsburg-hű szentendrei szerbek nem vettek részt. A valóság azonban ennél kicsivel árnyaltabb.
A szabadságharc közvetlen előzményének tekinthetők az ország déli határain kirobbanó magyar-szerb ellentétek, melyeket tovább szított, hogy az osztrákok a Magyarországra kivetett hatalmas, négymillió forint összegű hadiadót a szerb katonasággal hajtatták be. A déli határkerületekben a szeoba után letelepített szerbeket a Magyar Királyság hatóságainak mellőzésével közvetlenül a bécsi Haditanácsnak alárendelt határőr egységekbe szervezték. 1703-ban és 1704-ben a katonák és a falvakban élő lakosság között sűrűbbé váltak az összetűzések. II. Rákóczi Ferenc első hadi sikereit éppen a rác határőrökkel szemben érte el, 1703-ban Bihar és Arad vármegyében, a következő évben pedig Bácskában.
1703-ban a szabadságharc Észak-Magyarországról induló hadműveletei elérték Pest-Pilis-Solt vármegye területét is. A megye Duna menti településeinek a felkelők számára stratégiai jelentősége volt, mert ezek biztosíthatták volna a Dunántúlra való akadálytalan átkelést. Ezért Rákóczi már 1703 augusztusában és szeptemberében is pátenssel fordult a Magyarországon élő szerbekhez, melyben a felkelőkhöz való csatlakozásra szólította fel őket. Rákóczi és katonai vezetői a határőrvidéken történtek ellenére bíztak az együttműködésben: Bottyán János (Vak Bottyán) a Szent Liga törökök elleni délvidéki hadjáratai idején jó kapcsolatokat alakított ki a szerbekkel, a Balkán közeli felszabadulásának reményét elvágó karlócai béke idején pedig maga Csarnojevics Arzén is felvette a kapcsolatot Rákóczival, emiatt azonban a pátriárkát Bécsben két éven át házi őrizetben tartották.
1704 év elején Rákóczi megbízásából Károlyi Sándor generális 5000 rác fegyveres felkelőkhöz való csatlakozásáról Sümegen folytatott tárgyalásokat. Ennek során a szerbek ragaszkodtak – a Habsburgok által nekik már megígért – privilégiumaikhoz: a szabad kereskedés, a vallásszabadság és az önálló nyomda- és iskolaalapítás jogához. Emellett azonban – a pátriárka Memorialéja alapján – követelték a részvételt a magyar Országgyűlésben, és hogy a rác nép ne legyen kizárva a békekötésből, ezek azonban már nem kiváltságok, hanem egy államalkotó nép jogai, melyet Rákóczi megbízottja, de háborús körülmények között a fejedelem sem ígérhetett meg felelősséggel.
A sikertelen tárgyalásokat követően még ebben az évben Pomáz, Budakalász, Szentendre és Ercsi fegyverforgató szerb férfi lakosságából 3000 fős sereg csatlakozott az osztrákokhoz. A bizonytalanságot mi sem jelzi jobban, mint hogy ugyanebben az évben – különösen Rákóczi 1704 szeptemberében, Gyöngyösön kiadott pátense után, melyben teljes megbocsátást és már a magyarokkal egyenrangú szabadságot ígért a szerbeknek – a felkelők ezredeiben nagy számban szolgáltak magukat rácnak mondó közkatonák és ezereskapitányok is. (Két évvel később Vak Bottyán azt írta Rákóczinak, hogy táborában vannak Pomázról, Szentendréről és Kalászról való szerbek.)
Ebben a korántsem teljes és végérvényes szembenállásról tanúskodó időszakban – amikor a harcokban résztvevő, az ország népeinek hangulatát jól ismerő osztrák tisztek is tartottak még a szerbek átállásától – írta meg Bercsényi Miklós, Rákóczi leghűségesebb barátja, a szabadságharc második legfontosabb vezetője 1704. november 22-én a szentendrei szerbekhez szóló levelét.
A levél eredeti, régi magyar nyelven írt szövegének egy ma könnyebben olvasható változata:
„ … Bizonyosak is lehetnek teljes nyugalommal (ezen írásomat nekik adott hitlevelemként meg is tarthatják), hogy akik Őnagysága ezen intése szerint Őnagysága és az ország hűségére meghajolnak, mind fejüknek, életüknek és mindennemű jószáguknak kegyelem adatik, és legkisebb kárvallásuk iránt is erős parancsok kiadatnak. Akarom ezzel Méltóságos Fejedelem atyai kegyes gondviselését a szentendrei és környékbeli rácoknak értésére adnom, s magam is őket Őnagysága nevével intvén, ahogy ők kívánják maguk, cselédeik és jószágait békességes megmaradását, szeressék magukat, s e mostani jó alkalmat ragadják meg (melyet most megvetve [nem elfogadva]) ezután más hasonlót ily könnyen nem remélhetnek, [ha] nyugodt elmével elfogadják Őnagysága kegyelmét, bizonyosak lehetnek, hogy senkitől sem félve szabadon, túl és innen a Dunán jószágaikon gazdálkodhatnak és békében lakhatnak. Akit közülük fegyver viselésére alkalmasnak találunk, a Méltóságos Fejedelem és a Haza szolgálatában ugyanolyan fizetést jár nekik, mint más fizetett magyaroknak; mely szerint bizalommal be is jelenthetik magukat a Tekintetes Nemzetes és Vitézlő Bottyán János Uramnál, Őkegyelménél, kit Újvár táján e napokban fel is találhatnak, van is már erre Őkegyelmének a Méltóságos Fejedelemtől pénze és utasítása.”
Nincs történeti forrásunk arra vonatkozóan, hogy a szentendrei szerbek adtak-e választ erre a levélre, de egy kései utód, Szofrics Pál 1903-ban megjelent várostörténeti írásában azt olvashatjuk, hogy 1705-ben (és 1707-ben is) „Szentendrét felgyújtották Rákóczi emberei, lakossága a környező erdőkben keresett menedéket”.
1705 tavaszán meghalt I. Lipót császár. Utóda – a kilenc éves korában már magyar királlyá koronázott – I. József Csarnojevics Arzén pátriárkának új birtokadományokra és a privilégiumok megerősítésére tett ígéretet, a Rákóczival közismerten szemben álló aradi szerb határőrparancsnok pedig magyar nemességet kapott.
1707-ben I. (Nagy) Péter orosz cár felajánlotta a lengyel trónt Rákóczinak, aki a tervezett lengyel-magyar-erdélyi konföderáció létrehozása egyik fontos feltételének tartotta a rácokkal való megbékélést. 1708. augusztus 29-én kiadott Instructio-jában Rákóczi a szerbek által korábban hozzá, majd az osztrákokhoz intézett, 11 pontban összefoglalt követeléseinél is többet: az Országgyűlésben való részvételt valamint a Dráva és a Száva mentén autonóm terület kijelölését is felajánlotta az 1706-ban elhunyt Csarnojevics Arzén utódának, Diakovics Ézsaiás érseknek. Erre az időre azonban a szabadságharc már lendületét vesztette. Rákóczi magyar vezéreinek egy része csapataival együtt átállt az osztrákokhoz, az országban, s különösen a még hűségben megmaradt, de a nélkülözésektől legyengült kuruc seregben pestis pusztított. (Ebben a szörnyű járványban halt meg 1709-ben Bottyán János is.) Mindezek miatt egyezség már nem jöhetett létre.
Ezután már csak egy adatot ismerünk a Rákóczi szabadságharc és Szentendre kapcsolatáról: bizonyos Décsei László 1710 júliusában írja Károlyi Sándor generálisnak, hogy
„… az elmúlt ősszel adtam volt ugyan a Nemes Compania sójábul Szent Endrén lakó Sánta Rácz kapitány és Szappanos Péter nevű embereknek 400 egynéhány kősókat (…) alázatossan kérem Nagyságodat, a Dunán túl levő valamelljik Óbesternek parancsolljon Nagyságod, vegye fel azon pénzt és administrállja udvarhoz, ahová illik.”
Ez a „holmi egyet másocskákkal való kereskedés” feltehetően nem csak pénzügyi célokat szolgát, a két szentendrei az áru mellett híreket is szállított.
Összefoglalva a szabadságharc alatt mélypontra került magyar-szerb kapcsolatokat, megállapíthatjuk, hogy – ugyan csak kisebb számban, mint az ellenfélnél –, de a harcokban a felkelők oldalán is vettek részt szerbek, még Szentendréről és környékéről is.
Abban, hogy Rákóczi megbékélést szolgáló felhívásaira nem kapott megfelelő választ, döntő szerepe volt, hogy a szerbek a császárnak köszönhették a létük alapját képező privilégiumokat. Ugyanakkor romboló hatása volt a Habsburgok tudatos megosztó politikájának, a rémhírterjesztésnek és az osztrák tisztek kegyetlenkedéseket nemhogy megtorló, de bátorító magatartásának is. A két nemzetnek a divide et impera módszerét követő szembeállítása másfélszáz évvel később, az 1848/49-es forradalomban és szabadságharcban is éreztette hatását.