A hódoltsági területek török (katonai) közigazgatás szerinti átszervezése 1541-ben, Buda csellel történt elfoglalása után kezdődött meg.

Talán leginkább a mai régió fogalmához hasonló az I. Szulejmán szultán által bevezetett vilajet (tartomány), más néven beglerbégség, melyeket kisebb egységekre – a megyéknek megfelelő – szandzsákokra osztottak fel, ezek élén bég (törökül bej) állt. Magasabb rangú hivatalnokok, a beglerbégek, később a szandzsákbégek is kiérdemelhették a basa (vagy pasa – jelentése: fej) címet.

A járásnak is nevezhető kisebb közigazgatási terület a náhije volt. Utóbbiakban a törvénykezés a kádik feladata volt, de tevékenységük nem csak a törvénykezésre terjedt ki, ők voltak felelősek az adó kivetéséért és beszedéséért, a hadsereg mozgósításának megszervezéséért, a mesteremberek, a piacok, az építkezések és a vallási közösségek felügyeletéért is. A keresztények fölött csak akkor ítélkeztek, ha a felek kifejezetten a török jogorvoslatot választották, ha súlyos bűntényről volt szó, vagy ha mohamedán érintett is volt az ügyben. (A saríát – a Koránon alapuló muzulmán jogrendszert – a Hódoltságban sehol nem vezették be).

Magyarország törökök által elfoglalt területein öt vilajetet hoztak létre, a hódítás kiterjedésének időrendje szerint: a budait (1541), a temesvárit (1552), az egrit (1596), a kanizsait (1600), a váradit (1660) és az érsekújvárit (1663). Az elsőként létrehozott budai vilajet – mint a Hódoltság közigazgatási központja, Buda székhellyel – mindvégig megtartotta a többi tartomány fölötti vezető szerepét.

A török hivatalnokok első és legfontosabb feladata volt, hogy számba vegyék a városokat és a falvakat a hozzájuk tartozó pusztákkal, s hogy összeírják az ott élő lakosok nevét, illetve hogy megállapítsák a tőlük beszedendő adók összegét. Az összeírásokból (defterekből) megtudjuk, hogy Szentendre faluban 1546-ban: 24, 1559-ben: 29, 1562-ben 48, 1580-ban 32, 1590-ben, 38 volt a férfi lakosok száma, a hozzátartozók, a nők, gyermekek és a munkára már nem képes időskorúak (azaz az összlakosság) létszámára azonban ezekből a török összeírásokból nem derül fény.

A dokumentumokból kiderül, hogy Szentendre adót fizetett a búza, az ún. kevert gabona, a must, a lencse és a bab után; adózott a széna-és tűzifa után, de létezett mennyasszony adó és hordóadó, bírságpénz is. Azt is feljegyezték, hogy hány méhkas, malomkerék van, mennyi a kincstári rét jövedelme.

Szentendrének (de Pomáztól Tahitótfaluig még további dunakanyari falvaknak) az első ismert török ura 1546-tól Hüszejn Isztrofcsa, a budai beglerbég csausa volt. Az Oszmán Birodalomban minden meghódított föld állami tulajdonba került. A kisebb jövedelmű timár- és a közepes méretű ziámet-birtokok nem voltak örökölhetők, ezért a gyakran rövid időn belül kegyvesztetté váló birtokosok a földet és a rajta élő jobbágyokat a lehető leggyorsabban és a végsőkig kizsarolták. A terület nagyságától és bevételeitől függően a szolgálati birtok haszonélvezője (lovas szpáhi) katonákat volt köteles felszerelni. A magas rangú tisztviselőknek, beglerbégeknek, szandzsákbégeknek juttatott, évi 100 000 akcsénél nagyobb jövedelmű, ún. khász- (a szultán saját tulajdonában álló) birtokok haszonélvezői adót fizettek a kincstárnak.

A törökök által elfoglalt területről a királyság és a magyar birtokosok sem mondtak le, jogot formáltak az adókra és a lakosság által nyújtandó szolgáltatásokra is. A követelések érvényesítését megkönnyítette, hogy a törökök elnézték a magyar adószedők működését a Hódoltság területén, emellett a lakosság fölötti törvénykezést is a vármegyei hatóságok, kisebb ügyekben a helyi, szabadon választható bírók kezében hagyták.

Róbert Károly király 1318-ban Szentendrét a Veszprémi püspökségtől a visegrádi vár uradalmához csatolta. Miután Visegrád török kézre került – más Buda környéki hódolt helységekhez hasonlóan – Szentendrét először Tata, majd Komárom vára kapta meg. Ez azt jelentette, hogy az adót nem csak a törököknek, de a földesurakkal azonos jogokkal rendelkező várbirtokosnak is fizetni kellett. 1580-ban a város 6000 akcse értékben szolgáltatott be búzát, mustot, sertést Szinán bégnek a földesúri haszonélvezet fejében. 1595-ben, Szent György napkor Szentendre 5 forinttal és 5 forint értékű török szőnyeggel adózott a komáromi uradalomnak.

Az adók mellett gyakran természetbeni szolgáltatásokra is kényszerítették a lakosságot, s nem csak helyben. Már nem is kettős, de hármas teher nehezedett a szentendreiekre, amikor a váci vár megerősítési munkálataira kirendelték őket a Dunakanyar több falujának lakóival együtt. Ez ellen tiltakozott az a több település vezetője által aláírt levél, melynek egy mondata az olvasmány címében szerepel. Ugyanakkor, 1608 szeptemberében készült egy másik irat is – ez egyúttal az első ismert, Szentendre közössége által kibocsátott dokumentum – melyből azt is megtudjuk, hogy az újratelepült faluból a máshonnan ideérkezett lakók elmenekülnek:

„Ím az falut a jövevények megszállották vala mi velönk egyetemben. Azért, hogy látják, hogy az szolgálat és adó háromfele vagyon, immár Szent Endréről elmennek, es mi szentendreiek tízen ha maradhatonk”.

A török kor legvégére kialakult szomorú állapotokról két, ugyanazon birtokrendezési ügyben Szentendrén (1668-ban, majd 1697-ben) készült jegyzőkönyv tudósít bennünket. A közel 30 éven át húzódó vita a falu egy korábbi birtokosa, a még 1567-ben Miksa császártól Szentendrén három telket szerző Simon Antal leszármazottai, a Muslay család és a 92 évvel később, 1659-ben a komáromi uradalmat, s ennek részeként Szentendrét is I. Lipóttól megvásároló Zichy család között alakult ki. Mindkét tanúvallomásban egy szentendrei jobbágy emlékezett meg kilenc telkek tulajdonosairól, név szerint sorolva a porták már meghalt vagy elköltözött, jobbágysorú lakóit.

A második, 1697-ben készült tanúvallomás különösen érdekes számunkra, mert ez hét évvel a délszláv betelepedés után készült, s így a már a szerbek által épített és ma is azonosítható templomok és házak helyének ismeretében fontos adatokat tudhatunk meg Szentendre középkori településszerkezetéről. Ennek alapján állapították meg, hogy a falu a Bükkös-pataktól a mai Lázár cár térig terjedt, s azt is, hogy a telkek jóval nagyobbak voltak a maiaknál: három porta területén az 1690-ben Szentendrére települt szerbek 22 házat építettek fel.

Annak alapján, hogy a két tanúvallomást 29 év különbséggel ugyanaz a személy, Lukács Pál mondta el, arra is következtethetünk, hogy az általa kilenc éven át lakatlannak nevezett faluban lehettek túlélők, akik a harcok és a seregek elől elmenekültek, majd – valószínűleg még a szerb betelepülés előtt – visszatértek Szentendrére.

A vallomásokban említett „prédikátor” valamint a „pápista” utca (utóbbi a mai Dumtsa Jenő vagy Bodányi utca lehetett) megnevezésekből az is kiderül, hogy a török kor végére a magyar lakosság egy része református, a másik fele katolikus volt.