A népvándorlás- és honfoglalás korral foglakozó történettudomány egyik — máig eldöntetlen — nagy kérdése, hogy a honfoglalás idején itt voltak-e még az avarok?

791-ben a frankok – Nagy Károly vezetésével – megtámadták a dunántúli avarokat. Bár ez a hadjárat még nem járt sikerrel, a négy évvel később, 795-ben kitört, a kagán és a jugurrus halálával végződő avar belháborúk után az életben maradt harmadik főméltóság — a tudun — meghódolt a frankoknak. A krónikák szerint ekkor a frankok 16 súlyos szekérnyi aranyat és ezüstöt zsákmányoltak az avaroktól és szállították el azt a mai Francia- és Németország városaiba.

Az Avar Kaganátus Dunától keletre fekvő területeit 804-ben majd 826 és 831 között az onogur-bolgárok foglalták el. Ekkor keletkezhetett Kijevben a fejezetcímben olvasható, 10. századból fennmaradt orosz közmondás, amely az avarok szomorú sorsára utal.

A krónikák szerint a győzelmet arató Kurum bolgár kán megkérdezte a fogságába esett avaroktól:
–  „Mit gondoltok, miért pusztult el uralkodótok és egész népetek?”
Erre a foglyok egyike ezt válaszolta:
– „Elszaporodtak az egymás elleni vádaskodások, elpusztították a legderekabb és legértelmesebb férfiakat, az igaztalan úton járók és a tolvajok lettek a bírák szövetségesei, és volt részegeskedés, mert a bor elszaporodtával szinte mindnyájan részegesek lettek, aztán jött a megvesztegethetőség, továbbá az üzletelés, mert mindenki kereskedő lett s egymást csalta. Ezekből támadt a mi vesztünk.”

Az Avar Birodalom összeomlása ellenére a korabeli frank oklevelek még 860-ban és 871-ben is – tehát 35–24 évvel a honfoglalás előtt – a római Savaria (Szombathely) környékén kereszténnyé lett avar adófizetőkről írnak, bizánci források pedig a déli területeket elfoglaló horvátokkal együtt élő avarokat említenek.

László Gyula régészprofesszor az 1970-es évek elején egy érdekes, új megközelítést vetett fel az avarok és a magyarok kapcsolataira vonatkozóan. A kettős honfoglalás elmélet szerint a 7. század végén a Kárpát-medencében megjelenő késő avarok (onogurok, a 12. századi kijevi Nyesztor Krónikában: fehér ugorok) valójában kora-magyarok voltak. A nép díszítményein — a korai avarok palmettás motívumaival szemben — a honfoglaló magyarság kultúrájában is jellemző griffes-indás motívumok jelennek meg. A hagyománytisztelő nemzetségi társadalmakban, amelyekben a díszítőmotívumoknak jelentéstartalma is volt, ezt nem lehet egyszerűen a divat, vagy az ízlés hirtelen megváltozásával magyarázni.

A késő avar és a honfoglalás kori magyar temetők és szálláshelyek (faluk) gyakran háló-szerűen, egymás mellett helyezkednek el, s ennek alapján László Gyula egy időben és főleg békében együtt élő népcsoportokat feltételezett.

A honfoglalás kori temetőkben feltárt emberi csontok antropológiai elemzése során megállapították, hogy ebben az időben a magyar népesség két – egymástól genetikailag teljesen eltérő – csoportból állt: az első a csak kisszámú, gazdag vezéri sírokban figyelhető meg, a másik a szegény, köznépi temetőkben. László Gyula következtetése szerint a nép — legalábbis részben — a késő avarokból (vagyis szerinte a kora-magyarokból) alakult ki. Az elméletet látszanak igazolni a krónikák is, melyek a honfoglalás korát a 7. század végére, 8. század elejére teszik (Képes Krónika – 677, Bonfini 744).

A fentebb felsoroltakon felül még számos más, „meggondolkodtató” érv ellenére a felszínre került régészeti leletek a szakemberek számára máig nem bizonyítják eléggé meggyőzően, hogy a késő avarok kora-magyarok lettek volna.

Szentendrén az avar–magyar együttélésre utaló leleteket nem találták, de az Alföldön az utóbbi évtizedben feltárt honfoglalás kori telepek és temetők valamint az újraértelmezett korabeli dokumentumok alapján néhány kutató ismét felvetette a „késő utáni avar kor”, valamint a háborúkat túlélő avaroknak a magyarokkal történt békés összeolvadása lehetőségét.